Основание архиерейской библиотеки связано с созданием в 1682 году Холмогорской и Важской епархии и назначением туда на пост архиепископа видного общественного и политического деятеля, по тем временам человека высокообразованного, Афанасия (в миру Алексея Артемьевича Любимова-Творогова).

Религиозные убеждения Афанасия, его ученость и знания могли послужить причиной того, что из крестовых иеромонахов он был возведен в сан архиепископа. При посвящении Афанасия 18-19 марта 7190 (1682) года патриарх Иоаким "в благословление новоучененной Холмогорской епархии" лично ему подарил несколько книг, а именно: Беседа Иоанна Златоуста на Евангелие от Матфея и Скрижаль, на которой есть дарственная надпись патриарха.

Собирать свою большую по тем временам библиотеку Афанасий начал не разом, прибыв в Холмогорскую епархию. Предполагается, что еще в родной семье у Афанасия образовалась склонность к книжным занятиям, которая со временем получила возможность развиваться в Далматовском Успенском монастыре. Время службы в Москве Афанасий использовал для пополнения своего образования. Все, чем он обладал: ученостью, знанием языков, умением логически мыслить, широтой политических взглядов - он освоил самостоятельно, благодаря книгам.

Сохранились сведения, что он имел очень близкое отношение к патриаршей "книгохранительнице" и заботился о ее сохранности, даже затрачивая собственные средства.

Все время, находясь в Москве, Афанасий пополняет свою библиотеку. Сохранились интересные подробности его московской жизни и служении патриарху. В "расходной книге" Печатного двора за 7188 (1680) год есть такая запись "Апреля в 5 день по указу Великого Господина Святейшего Иоакима, патриарха Московского, преосвященный Симеон, архиепископ Сибирский и Тобольский (заведывавший Печатным двором) приказал Златоустовского монастыря, что на Москве, черному попу Афанасию дать книгу Каноник в переплете, в четверть, Никитинской азбуки безденежно, а преждь сего он был в игуменах в Сибири в Долматове пустыне, книге указная цена 13 алтын 2 деньги". Подпись "Иеромонах Афонасий, Каноник взял и руку приложил".

3 марта 1681 года он вместе с патриархом был на Печатном дворе. Всем почетным посетителям были предложены подарки - книгами, в том числе и Афанасию вместе с другим крестовым иеромонахом Пахомием было преподнесено по книге "Ефремов в переплете".

Во время нахождения Афанасия в крестовых иеромонахах, в Москве началась борьба между двумя просветительскими влияниями: греческим и латинским. Представителем одного направления был Епифаний Славинецкий, а другого - Симеон Полоцкий. Книги этих авторов были в библиотеке архиерея, однако примкнул Афанасий к защитникам греческого просвещения и греческой культуры.

В собрании книг Афанасия находился рукописный трехтомный Сборник проповедей XVII века. Каждый том имел на себе надпись о принадлежности книги Афанасию. На 3-м томе находилась собственноручная надпись Афанасия "Сия книга многоразличныя поучения преосвященного Афанасия, архиепископа Колмогорсаго и важескаго, келейная".
По содержанию этих статей можно было судить о симпатиях и убеждениях владельца этих сборников. Многие статьи написаны рукой самого преосвященного Афанасия. Большая часть проповедей, помещенных в Сборнике, принадлежит Епифанию Славинецкому.

Библиотеку архиерея, по-видимому, надо разделить на две части: книги келейные, то есть личные, и книги, которые собирались по приказу Афанасия для создания библиотеки архиерейского дома.

Архиерейское книгохранилище и архив находились в колокольне Холмогорского Преображенского собора.

Наиболее полное описание библиотеки архиепископа Афанасия было приведено В.М. Верюжским, который при этом ссылался на опись всего имущества Афанасия, в том числе и библиотеки, составленную в 1702 году вскоре после его смерти. Копия этой описи принадлежала И.М. Сибирцеву.

По описи библиотека состояла из 270-ти названий книг и до 490 отдельных томов. Если принять во внимание, что большинство, а именно 235 единиц - рукописные, "громадные по объему" (в лист), то указанная цифра не покажется незначительной. Кроме рукописных книг, в библиотеке архиерея были печатные, в том числе много иностранных. "В числе книг библиотеки Афанасия мы встречаем не только русския, но и греческия, латинския, даже немецкия книги", - пишет Верюжский. Записей о "келейной" принадлежности Афанасию на западноевропейских книгах не сохранилось, хотя многие книги, однозначно, могли быть приобретены Афанасием в период его архиерейства.

На некоторых из сохранившихся экземпляров книг: печатных и рукописных - можно найти записи, сделанные либо писцом, либо рукой самого Афанасия о том, что "Сия книга … преосвященного Афанасия архиепископа Колмогорскаго и Важескаго келейная". Помимо почерка Афанасия атрибуцией его автографа является вольное, вернее укороченное наименование титула в записи или добавление эпитета "смиреннаго", что мог позволить себе только сам архиепископ, который всегда делал запись на первом листе.

Борьба с расколом занимала важное место в епархиальной деятельности Афанасия. Афанасий сам был автором ряда сочинений, направленных против раскола: Увет духовный 1682 года, Книга о пресуществлении 1688 года, Щит веры 1690 года, а также богословского произведения Шестоднев, который был "писан рукой самого Афанасия" и заканчивался такими словами: "Тому слава и держава, честь и поклонение Отцу и Сыну и Святому Духу ныне и присно и во веки веков".

Одной из мер против усиления раскола на Русском Севере было то, что, будучи архиепископом, "Афанасий в приходских церквах своей епархии старался отбирать все, что так или иначе напоминало о расколе: старыя богослужебныя книги - печатныя и рукописныя". Примером этого является перешедший в архиерейскую библиотеку вместе со многими другими книгами из собрания Афанасия Потребник 1639 года. На Потребнике была сделана надпись "7200 (1692) г. априллиа - день сия книга Требник взята от церкви Рождества Иисус Христова, что у Архангельскаго града".

Однако дониконовские книги не только изымались из приходских церквей, но и приобретались по указу Афанасия в церкви и библиотеку архиерейского дома. На киевском издании 1628 года Поучения аввы Дорофея есть запись о том, что эта книга в "1695 лета июлия в 14 день Преосвященный Афанасий молитвою Божиею архиепископ Холмогорский и Важеский сию книгу глаголемую аввы Дорофея принес в дар господу Богу, в новосозданную крестовую церковь святого апостола Иякова богобрата перваго иерарха Иерусалимского, в день освящени ея: юже он преосвященный архиепископ при доме своем архирейском создал, и всяким благокрасотствы украсил. А взята сия книга, у бываго Николаевския церкви иерея Паула Дудина, [иже на нижном посаде в Лохте]. Посмерть ево в нынешнем же богом году, у сына ево Христофора. А цены за сию книгу дано ему Христофору из домовой Преосвященнаго архиепископа казны рубль денег".

Неоднократно обращается Афанасий в Сийский монастырь с просьбой о присылке книг для прочтения. Так, в грамоте на имя архимандрита Никодима с братией от 22 октября 1692 года (7201), Афанасий просит прислать ему Никоновские великие правила: "да у вас же в казне обретаютсца книги Никоновския великия правила и послания, их же имеет потребу в подтверждении православных догматов святыя Церкви прочести и ведети силу разума". Часто книги Афанасий просил прислать не только для прочтения, но и для переписки. О том, что в Холмогорах существовала книгописная школа, свидетельствуют приписки к тексту рукописных книг: "списана его архиерейским келейным иждивением".

Собирание, хранение и переписку книг Афанасий считал крайне важным делом. В Окружном послании к пастве 1698 года он писал: "Аз же глаголю: яко мне книгохранение есть и Иисус Христос, его же преслушати есть явственная погибель. Невредимое мне есть книгохранилище крест его, и смерть, и воскресение его, и вера".

Библиотека Афанасия - свидетельство большого уважения и любви ее владельца к книге.